Usa-Places.com listou aprox 23 igrejas dentro La Crosse. Alguns dos mais bem avaliados igrejas dentro La Crosse estão- Bethany Free Church, Igreja Cristã da Palavra Viva, Novos Começos Cristãos, Cornerstone Community Church, Igreja da vizinhança da cidade, Paróquia de Saint Joseph Ridge, Primeira Igreja Congregacional, Trinity United Church-Christ, Casa-mãe das Irmãs Franciscanas da Adoração Perpétua & Bom dia Michael.