Usa-Places.com listou aprox 8 igrejas dentro Waupun. Alguns dos mais bem avaliados igrejas dentro Waupun estão- A igreja do rio, Igreja Evangélica Luterana Grace - Sínodo WELS, Igreja Alto Reformada, União-Congregacional Unidos, Edgewood Community Church, Igreja Cristã Betel, Igreja Reformada da Trindade & Grace United Reformed Church.